郑玉龙，冯玉龙，廖志勇，秦瑞敏，肖海峰. 外来植物飞机草的入侵机制. 云南省人民政府自然科学奖二等奖. 2022.5.17

徐进，王如玲，万金鹏，张苹，孙亮亮. 痕量元素参与调控植物生长和根系发育的生理与分子机理. 云南省人民政府自然科学奖二等奖. 2022.5.17

张一平，宋清海，林友兴. 橡胶林生态环境效应. 云南省人民政府自然科学奖三等奖. 2022.5.17

白杨，江波，王敏. 生态系统服务供给与需求的空间耦合特征. 云南省人民政府自然科学奖三等奖. 2022.5.17

徐增富，潘帮珍，倪军，陈茂盛，陶彦彬. 小桐子分枝与开花调控的生理与分子生物学基础研究. 云南省人民政府自然科学奖二等奖. 2021.6.2

张荣平，赵荣华，裴盛基，俞捷，熊磊，钱子刚，于浩飞，杨为民，程永现，胡炜彦，杨兴鑫. 南药体系传承创新与应用. 云南省人民政府科技进步奖一等奖. 2021.6.2

余迪求，陈利钢，姜艳娟，胡彦如. WRKY 蛋白通过激素途径调控植物抗性建成的分子机制. 云南省人民政府自然科学奖一等奖. 2020.6.30

朱华. 云南植物区系的起源与演化研究. 云南省人民政府自然科学奖三等奖. 2020.6.30

徐鹏，陶大云，周家武，何全才，张建梅，余迪求，李静，杨莺，张玉. 陆稻种间亚种间杂交育种理论与技术创新及应用. 云南省人民政府科技进步奖二等奖. 2020.6.30

刘爱忠，徐伟，张洋，邱丽俊，靳正伟. 蓖麻胚乳油脂累积的生理与分子基础研究. 云南省人民政府自然科技奖二等奖. 2020.6.30

周浙昆，苏涛，黄永江. 云南新近纪环境演变及植物多样性演化. 云南省人民政府自然科学奖三等奖. 2018.6.3

朱华. 粗叶木属植物分类学研究. 云南省人民政府自然科学奖三等奖. 2018.6.3

余迪求，梁岗，何华，刘冬梅，杨凤玺. microRNA调控植物营养代谢和形态建成的分子机制. 云南省人民政府自然科学奖一等奖. 2017年3月8日

彭艳琼，杨大荣，杨培. 榕树与榕小蜂共生的行为生态机制. 云南省人民政府自然科学奖三等奖. 2017年3月8日

沈有信（第二），刘文耀（第四）. 喀斯特地质生态系统退化景观恢复机理与应用研究. 云南省人民政府科技进步奖三等奖. 2015年2月12日

曹坤芳、陈军文、郝广友、张教林、朱师丹. 季风气候下热带北缘木本植物水力学特征与生理功能的研究. 云南省人民政府自然科学奖二等奖. 2015年2月12日

杨大荣，彭艳琼，宋启示，陈春，李宗波. 中国西南榕树与榕小蜂协同进化研究. 云南省人民政府自然科学奖二等奖. 2014年4月1日

余迪求，仇玉萍，陈利钢，邹长松，江文波. WRKY基因调控植物抗逆境性状建成的分子机制研究. 云南省人民政府自然科学奖二等奖. 2014年4月1日

冯玉龙 郑玉龙. 氮分配的进化假说——解释外来植物入侵机制的新理论. 云南省人民政府自然科学奖二等奖. 2013年3月22日

杨清（第一），段柱标（第十）. 热带优良竹浆（材）竹种的筛选与繁殖关键技术研究. 云南省人民政府科学技术进步奖三等. 2012.1.19